Hlavním Posláním národních parků je ochrana přirozených procesů a biodiverzity. Distribuce biodiverzity by tak měla být v ochraně území a jeho managementu zohledněna.
To však není vždy pravidlem, zvláště s přihlédnutím k tomu, že úroveň poznání biodiverzity a jejích změn v čase a prostoru se často významně liší. Proto jsme několika přístupy identifikovali hotspoty biodiverzity ve vybraném chráněném území v NP Šumava, který je příkladem cenného velkoplošného území s dlouhotrvajícími spory o územní ochranu přírody.