Léčba idiopatických střevních zánětů (IBD) v graviditě vyžaduje citlivý přístup jak s ohledem na možné nežádoucí účinky, tak s ohledem na někdy přehnané obavy z imunosupresivní léčby. Neuvážlivé vysazení může naopak vést k exacerbaci střevního zánětu se všemi riziky.
Kortikoidy i azathioprin jsou dobře tolerovány v graviditě i během kojení. Metotrexát je kontraindikován a musí být včas vysazen.