Téma vědeckého modelování dnes již patří do základního kánonu filosofie vědy. Ve filosofické literatuře se běžně má za to, že vědecký model se buduje pomocí určitých předpokladů, jejichž důsledky se posléze zkoumají, aby se nakonec tak či onak porovnaly s modelovaným systémem.
V prvním kroku se tedy prostřednictvím předpokladů konstruuje jakýsi hypotetický systém, jehož prostřednictvím vědci reprezentují zkoumaný jev. Až teprve ve druhém kroku se zkoumá, nakolik model "odpovídá" svému cílovému systému (Godfrey-Smith [2006]; Weisberg [2007]).
V příspěvku se bude argumentovat, že toto pojetí vědeckého modelování opomíjí značnou část vědecké praxe, ve které má modelování zásadně odlišnou povahu. Oproti standardnímu filosofickému pojetí modelování totiž existuje také praxe budování modelů, jež přímo vychází z provedených experimentů.
Pro doložení těchto závěrů bude představena analýza výzkumných praktik z oblasti onkoimunologie, konkrétně současný výzkum zabývající se rolí populací buněk MDSC (myeloid-derived suppressor cells) v diseminaci rakoviny (Gabrilovich and Nagaraj [2009]; Ostrand-Rosenberg and Sinha [2009]; Kumar et al. [2016]; Veglia et al. [2018]; Wang et al. [2019]). Popsány budou probíhající experimenty, které zahrnují práci s buněčnými kulturami, imunohistochemické metody, zvířecí modely a zobrazovací techniky a které generují dílčí poznatky, na jejichž základě se postupně utváří celkový model procesu diseminace rakoviny.
Pozornost bude také věnována odlišení tohoto pojetí modelování od konceptu modelů dat (Woodward [2011]).