Autoimunitní encefalitidy jsou poměrně nově popsanou klinickou jednotkou. Dia-gnóza se opírá o klinické projevy a může být potvrzena pozitivitou specifických neurálních protilátek.
Navzdory tomu, že se spektrum vyšetřovaných protilátek neustále rozšiřuje, se v klinické praxi setkáváme s případy autoimunitních encefalitid bez jejich pozitivity. Příčiny mohou být následující: 1) protilátky sdružené s těmito případy nebyly ještě rozpoznány a popsány; 2) používané metody pro jejich detekci nejsou dostatečně senzitivní; nebo 3) v patogenezi onemocnění v daném případě nehraje humorální imunita hlavní roli.
Absence neurálních protilátek potvrzujících dia-gnózu autoimunitní encefalitidy komplikuje dia-gnostiku. Rozpoznání a časná identifikace této skupiny pacientů bez pozitivity neurálních protilátek je zásadní, protože zahájení imunoterapie se pojí s lepšími výsledky.