Kořeny jsou obvykle skrytou, přesto zcela zásadní částí rostliny. Jejich struktura vznikala během evoluce a přizpůsobovala se půdnímu prostředí a primárním funkcím, které kořeny plní.
Uspořádání kořenového systému je vývojově plastické a reaguje na aktuální podmínky prostředí. Rostlina aktivně ovlivňuje půdní prostředí a mění jeho fyzikálně-chemické vlastnosti, právě tak jako složení komunity mikroorganismů v blízké rhizosféře.