Karolinska institut byl založen v r. 1810 jako zařízení pro výchovu vojenských lékařů. Později se tato instituce snažila o uznání na úrovni univerzit, které vychovávaly lékaře.
Význam instituce stoupl rozhodnutím A. Nobela ohledně udělování Nobelových cen za medicínu.
V současnosti jde o instituci, která se pohybuje v mezinárodních žebříčcích přibližně na 100. místě, podobně jako celá Akademie věd ČR. Univerzita Karlova se pohybuje kolem 200. místa.
Bylo provedeno srovnání vědecké výkonnosti a finančních zdrojů mezi Karolinska institutem a Lékařskou fakultou UK v Plzni.