V indikaci metastatického GIST zůstávají standardem preparáty imatinib, sunitinib, regorafenib. Avapritinib (nový TK-inhibitor) je nově schválen v indikaci 1. linie metastatického GIST s mutací PDGFR D842, ale neprokázal superioritu oproti regorafenibu v celé populace GIST.
Mezi další zajímavé tyrosinkinázové inhibitory patří kabozantinib, pazopanib, ripretinib. Data o efektivitě BRAF blokátorů a imunoterapii anti-PD-1 preparáty jsou zatím velmi omezená.
Znovunasazení imatinibu po selhání předchozí léčby imatunibem, sunitinibem a regorafenibem se zdá být efektní jen minimálně. Doporučený standard 3leté adjuvantní léčby imatinibemu pacientů po resekci GIST vysokého rizika nezměnily ani výsledky studie PERSIST s aplikovaným imatinibem v adjuvantní indikaci po dobu 5 let.