Transpozice velkých tepen jsou heterogenní skupinou komplexních vrozených srdečních vad a liší se i způsobem řešení, následnými komplikacemi i dlouhodobou prognózou. Vrozeně korigovaná transpozice bez operace a nekorigovaná transpozice po atriálním switchi má v systémové pozici pravou komoru a v dospělosti pak dominují problémy se srdečním selháním popřípadě regurgitací systémové trikuspidální chlopně, časté jsou i arytmie.
Nekorigovaná transpozice po arteriálním switchi v dětství má naopak v dospělosti velmi příznivý průběh.