Porovnání tradiční a komerční molekulárně-biologické detekce gastrointestinálních patogenů firmy AusDiagnostics ve FN Motol
Abstrakt
Cíl práce: Cílem bylo zmapování výskytu gastrointestinálních (GI) patogenů na Ústavu lékařské mikrobiologie (ÚLM) Fakultní nemocnice v Motole v letech 2014-2018 a otestování dvou komerčních multiplexních molekulárně-biologických panelů za účelem zkvalitnění a případně zlevnění rutinní diagnostiky. Materiál ametody: Pomocí laboratorního informačního systému (LIS) bylo identifikováno 45 888 vzorků testovaných v průběhu let 2014-2018 na přítomnost GI patogenů pomocí kultivačních, imunochromatografických, mikroskopických a molekulárně-biologických metod.
Pomocí nové multiplexní molekulárně-biologické detekce bylo otestováno celkem 182 izolátů nukleových kyselin, získaných ze vzorků stolic pomocí soupravy Enteric Viru ses (8-well) (EVP - Virový panel) nebo soupravy Faecal Pathogens M (16-well) (FPM -Mikrobiální panel) od firmy AusDiagnostics. Výsledky: Z dat v LIS bylo identifikováno celkem 6,2 % pozitivních patogenů způsobujících průjem ze všech zaslaných materiálů (Záchytnost bakteriálních agens činila 4,5 %, virových 21,6 % a parazitárních 0,4 % ze vzorků vyšetřovaných v dané kategorii).
Z validně vyšetřených vzorků pomocí molekulárně-biologické detekce (98,9 % všech testovaných) byl v sestupném pořadí detekován: toxin BC. difficile(19 %), Norovirus ( 9 %), Astrovirus (8 %), Campylobacter(7 %), Sapovirus (6 %), Yersinia enterocolitica(6 %), Rotavirus (4 %),Enterovirus (3 %), Aeromonas(3 %), Adenovirus (2 %) a Salmonella(1 %). U 27 % stolic Virového panelu a u 40 % stolic Mikrobiálního panelu byl zjištěn navíc alespoň 1 nový nález oproti stávajícímu vyšetřovacímu schématu.
Zavedení zkoušené techniky do rutinního provozu podle kalkulací nepovede ke s nížení nákladů pracoviště. Závěr: Zavedením multiplexních molekulárně-biologických panelů pro stanovení GIT patogenů se významně zvýší záchyt patogenůi přes vyšší náklady ÚLM.