Alergická onemocnění jsou považována za prototypy příkladů chorob určených interakcemi gen vs. prostředí. Mezi klíčové rizikové faktory patří kouření, úrovně expozice alergenům, ozón, částice výfukových plynů nafty, SO2 a NO2.
Kromě toho hrají viry důležitou roli při exacerbaci nebo rozvoji choroby, zejména v případě astmatu. Bakteriální superinfekce, zejména u endotoxin-pozitivních kmenů Staphylococcus aureus a dalších mikrobů, významně přispívají k patofyziologii atopické dermatitidy a jiných alergických onemocnění.