Farmakologickou léčbu alergické rhinokonjunktivitidy lze rozdělit na symptomatickou či kauzální. Symptomatická léčba je používána topická (oční kapky, nosní spraye) a celková (antihistaminika, antileukotrieny).
Významně efektivní jsou kombinované lokální přípravky. Při léčbě alergické rhinitidy jsou preferovány nosní steroidy samostatně či v kombinaci s lokálním antihistaminikem před systémovými antihistaminiky.
Alergenová imunoterapie představuje jedinou kauzální léčbu alergických onemocnění, která snižuje výskyt astmatu. Při správné volbě dominujícího alergenu je vhodná i pro polysenzibilizované osoby.