Hypotyreóza je nejčastější funkční poruchou štítné žlázy. Základní terapií hypotyreózy je jednoduchá substituce chybějících hormonů levotyroxinem.
I tato léčba má svá specifika, například v graviditě, u pacientů s kardiovaskulárním onemocněním, u starších pacientů či po operaci karcinomu štítné žlázy. Vzácně se vyskytuje centrální hypotyreóza, která se léčí stejně jako periferní, ale je třeba pamatovat na to, že bývá spojena s deficity dalších hypofyzárních hormonů.