Infekce způsobená SARS-CoV-2 může mít různé klinické formy, od inaparentního průběhu až po život-ohrožující polyorgánovou dysfunkci. Z hlediska patogeneze je možné tyto klinické formy rozdělit na skupinu slizničních infekcí (infekce dýchacích cest, gastroenteritida) a infekce vnitřních orgánů (především jde o pneumonii).
Zvláštní problematiku představuje dysregulovaná imunitní odpověď spojená s produkcí prozánětlivých cytokinů (IL-1, IL-6, TNFα), která je jinak typická pro závažné bakteriální infekce. Znalost patogenetických souvislostí umožní lépe interpretovat výsledky virologických a sérologických vyšetření a pomáhá p ři volbě individualizované terapie covid-19.