Charles Explorer logo
🇨🇿

Algoritmus pro predikci příbuznosti na základě strukturálních variant

Publikace

Abstrakt

Algoritmus definuje postup jak predikovat míru resp. typ příbuzenského vztahu dvou jedinců na základě markerů - strukturálních variant, detekovaných pomocí celogenomového sekvenování (WGS). Algoritmus je implementován v jazyce R.

Pro účely predikce příbuznosti jsou SVs reprezentovány jako binární markery a dále jsou využity algoritmy z balíku Demerelate pro predikci koeficientu příbuznosti. Na základě empiricky zjištěného rozsahu koeficientu příbuznosti pro jednotlivé příbuzenské kategorie je testované dvojici vzorků přiřazena nejpravděpodobnější kategorie příbuznosti.