Prohlásit některý druh houby za vyhynulý je ošemetné. Překvapivé nálezy plodnic druhů, které nebyly na určitém území nalezeny po několik desítek let, ukazují, že není vůbec snadné určit, kdy už můžeme některý z druhů takto označit.
Z toho důvodu se v oficiálních dokumentech typu červený seznam nehovoří o vyhynulých druzích hub, ale používá se označení ne - zvěstné. O situaci u makromycetů (hub s velkými plodnicemi) pojednává samostatný článek (na str. 232-234), v tomto příspěvku se podíváme na mikroskopické houby, u kterých je situace ještě složitější.
Tyto houby většinu života rostou skrytě v substrátu, a když už vytvářejí plodnice nebo jiné struktury se sporami, jsou mikro - skopické - menší než 2 mm - čili obtížně nalezitelné (některé jen zkušeným mykologem s terénní lupou) a určitelné podle morfologických znaků až pod mikroskopem, případně v kombinaci smolekulární - mi daty. Mají samozřejmě také své nároky na klimatické (či spíše mikroklimatické) podmínky prostředí a zdroje živin v substrátu, soupeří (kompetují) s ostatními organismy, a tudíž mohou při velkých změnách z daného prostředí zcela vymizet.
Máme o nich ale daleko méně záznamů pozorování než u makromycetů, takže můžeme o jejich vyhynutí hovořit spíše v obecné rovině.