Naprostá většina obyvatel Prahy se v době před stavovským povstáním hlásila k některému z nekatolických vyznání. V prvních letech po jeho porážce docházelo k omezování nekatolíků, které však mělo zpočátku převážně politický charakter.
Teprve od roku 1624 začala systematická rekatolizace, kterou prováděl stát ve spolupráci s katolickou církví. Ve třicátých a čtyřicátých letech 17. století pak rekatolizaci narušovaly válečné události.
Teprve po uzavření vestfálského míru mohla být rekatolizace pražských měst dokončena.