Abstrakt
Cíl práce: Mezi roky 2017 a 2019 došlo ke globálnímu rozšíření viru a vzniku rozsáhlé epidemie spalniček, která náhle skončila na počátku roku 2020. Také v České republice (ČR) probíhaly epidemie spalniček jako součást celosvětového postižení.
V současné komplikované epidemiologické situaci nabývá na významu molekulární surveillance, která je nezbytná pro potvrzení importu onemocnění a pro sledování cest přenosu viru. Umožňuje získat důkazy o přerušení endemického šíření a je nepostradatelná pro verifikaci eliminace spalniček.
Cílem práce je zjistit, zda některý z genotypů viru spalniček cirkuloval v ČR déle než 12 měsíců, a tím se potvrdilo nebo vyvrátilo endemické šíření viru na našem území ve vztahu k nedávnému odebrání statusu země s eliminovanými spalničkami. Dalším cílem je zhodnocení současné laboratorní diagnostiky v souvislosti s epidemiemi spalniček posledních let a povinností zasílat vzorky ke konfirmaci a genotypizaci.
Materiál a metodika: Celkem bylo molekulárně analyzováno 243 pozitivních nazofaryngeálních výtěrů od pacientů z ohnisek nákazy z celé ČR odebraných v letech 2018 a 2019. Molekulární analýza byla provedena sekvenováním nejvariabilnější části genomu viru spalniček - genu nukleoproteinu (N-450), podle metodiky Světové zdravotnické organizace (WHO).
Sekvenční analýza byla provedena Sangerovou metodou s využitím sekvenátoru Applied Biosystems 3500, data byla analyzována pomocí bioinformatického softwaru Geneious. Výsledky: V ČR se během epidemie v letech 2018-2019 uplatnily pouze dva genotypy, majoritní D8 v osmi variantách a minoritní B3 v šesti variantách, u 8 vzorků byl detekován genotyp A.
Dominující genotyp roku 2017 (D8, 4283) se v ČR poprvé objevil v lednu 2018 a po čtyřech měsících byl nahrazen genotypem D8, 4683, který se v ČR uplatňoval od března 2018 až do června 2019. Vzorků s tímto genotypem bylo 170/243, tj. 70 %.
Mezi první a další detekcí tohoto genotypu byly tři měsíce s nulovým záchytem, to ovšem neznamená, že by během těchto měsíců v populaci necirkuloval. Analýza sedmi vzorků z roku 2017 spolupracující Regionální referenční laboratoří v Institutu Roberta Kocha v Berlíně (RRL RKI) prokázala u pěti vzorků z Ostravy příslušnost ke genotypu B3 a dvě různé varianty genotypu D8 (Praha, Liberec).
V laboratorní diagnostice byl zaznamenán posun v typu zasílaných klinických materiálů, neboť mezi lety 2017 a 2019 vzrostl podíl vzorků k přímému průkazu viru z 18 % na 43 %. Zasílání vzorků k sekvenaci do Národní referenční laboratoře v Praze (NRL) probíhalo podle nastavených legislativních pravidel.
Laboratoře za rok 2018 a 2019 zaslaly celkem 424 vzorků. Sekvenace byla úspěšná u 243 z nich, tj. u téměř 60 %.
U ostatních vzorků se sekvenace nepodařila pro nízkou virovou nálož. Závěry: V ČR byla zavedena sekvenace viru spalniček jako nezbytná součást molekulární surveillance, podařilo se analyzovat téměř 60 % pozitivních vzorků.
Na základě provedené sekvenční analýzy bylo prokázáno endemické šíření viru spalniček, neboť mezi roky 2018 a 2019 cirkuloval nepřetržitě virus genotypu D8, 4683 MVs/Gir Somnath.IND/42.16 na území České republiky po dobu 16 měsíců. Laboratorní diagnostika se více zaměřuje na přímý průkaz viru, což společně s rozšířením genotypizace o další úsek genomu umožní zkvalitnění molekulární surveillance.