Ověření nálezu změn metylace z analýzy MS-MLPA metodou přímé Sangerovy sekvenace po bisulfitové konverzi - využití v klinické laboratoři, výhody a limitace metody

Abstract

Vyšetřovali jsme rodinu, u níž někteří členové mají mírné projevy Beckwith-Wiedemannova syndromu. V rodině jsme pomocí metody MS-MLPA objevili dosud nepopsanou deleci v oblasti IC2(KCNQ1OT1:TSS-DMR, KvDMR) na chromosomu 11p15.5.

Navzdory shodnému rozsahu delece u všech jejích nosičů, který jsme ověřili sekvenací junkčního fragmentu, jedna metylačně-specifická sonda v těsně přilehlé oblasti ukazovala u jednotlivých členů rodiny rozdílný metylační profil. Pro vysvětlení tohoto nálezu jsme navrhli systém založený na přímé Sangerově sekvenaci DNA po bisulfitové konverzi a zjistili jsme, že výsledky odpovídají metylačnímu profilu z MS-MLPA, a mohou jej pomoci upřesnit.

Systém je po optimalizaci využitelný v klinické laboratoři, nezahrnuje chybu způsobenou klonováním a může poskytnout cenné informace o metylačních změnách v klinicky významných oblastech.