Povinné očkování vyvolává celou řadu klíčových otázek souvisejících s ústavní a mezinárodní ochranou lidských práv. Odborná doktrína a příslušná judikatura Ústavního soudu ČR a Evropského soudu pro lidská práva poskytují důležité vodítko v této oblasti.
Stanovení správné rovnováhy mezi sledovaným legitimním cílem a zvoleným prostředkem do velké míry záleží na aktuálním stavu vědeckého poznání. Proto příslušné soudy zpravidla přiznávají legislativní, a popř. i exekutivní moci, nemalý prostor pro uvážení.
Opatření v podobě povinného očkování by však mělo být jedním z posledních prostředků určených k ochraně veřejného zdraví.