Gastrointestináiní trakt hraje klíčovou roli v metabolismu vápníku a vitaminu D a významně se tak podílí na zdraví skeletu. Onemocnění gastrointestinálního traktu, zejména tenkého střeva, pankreatu a jater, jsou spojena nejen s poruchami metabolismu vápníku a vitaminu D, ale i s vyšším výskytem osteoporózy a nízkotraumatických fraktur.
Rovněž v gastroenterologii běžně užívaná farmaka interagují se vstřebáváním vápníku v tenkém střevě, a tím se nepřímo podílejí na zvýšeném riziku osteoporózy.