Inhibitory protonové pumpy (IPP) jsou terapeutickou volbou u ezofagitidy a gastritidy. Recentní studie nepotvrzují benefit IPP u chronického kašle, kojeneckého refluxu, astmatu či funkčních gastrointestinálních obtíží.
Jsou popisovány nežádoucí účinky vyplývající z omezení diverzity mikrobiomu a postižení imunitních funkcí a z toho plynoucích infekcí, fraktur a alergických onemocnění.