Mikroskopická kolitida je vzácná forma zánětlivého střevního onemocnění, která se typicky manifestuje chronickými vodnatými průjmy bez příměsi krve. Endoskopický obraz během kolonoskopie je bez významného patologického nálezu.
Průkazem tohoto onemocnění je biopsie, kde nalézáme typické histologické změny. Mikroskopická kolitida má dva histologické subtypy, jimiž jsou lymfocytární kolitida a kolagenní kolitida.
Typickým pacientem, který je léčen pro mikroskopickou kolitidu, je žena středního věku, která je sledována již pro jiné autoimunitní onemocnění, jako je např. celiakie, autoimunitní tyreoiditida či diabetes mellitus 1. typu.