Patologická fyziologie shrnuje přírodovědné a klinické základy medicíny založené na vědeckém poznání. Části její problematiky jsou předmětem výuky speciálně zaměřených předmětů preklinického studia lékařství. Obecná patologická fyziologie integruje a doplňuje studium teoretických základů klinické medicíny, odráží komplexnost lékařské problematiky, zdaleka však ne zcela.
Pomíjí především psychické, psychologické a sociální aspekty nemocí a patologických stavů. Pomíjí také jejich anatomické aspekty, které jsou diagnosticky velmi významné.