Jedním z pociťovaných problémů krizového vládnutí během epidemie Covid-19 byla těžkopádnost soudního přezkumu krizových opatření vlády. Ústavní soud - poté, co konstatoval svoji nepříslušnost ke koncentrovanému přezkumu vyhlášení nouzového stavu - odmítal individuální ústavní stížnosti napadající krizová opatření, zatímco senátorské návrhy na zrušení předpisu nestíhal věcně projednat. Jediné krizové opatření, které bylo Ústavním soudem skutečně meritorně přezkoumáno (a zrušeno), již před vydáním nálezu samo pozbylo účinnosti. Poněkud zvláštně vypadal i difúzní přezkum krizových opatření, kdy bylo podáno velmi málo "klasických" žalob proti správnímu rozhodnutí, jež by napadaly nezákonnost aplikovaného opatření; žalobci se s větším či (častěji) menším úspěchem pokoušeli uplatňovat zásahové žaloby, kdy v jedné linii se tvrzený zásah měl opírat o krizové opatření, ve druhé linii mělo být zásahem opatření samotné. Správní soudy nakonec dovodily, že při přezkumu aplikovaného krizového opatření je namístě posoudit i ústavnost nouzového stavu, na jehož základě bylo opatření vydáno.
Oproti tomu stojí dosti pozitivně hodnocený model soudního přezkumu mimořádných opatření v pandemické pohotovosti (vydávaných ve formě opatření obecné povahy), pro který byl dle § 13 PandZ věcně příslušný Nejvyšší správní soud. Nabízí se otázka, do jaké míry může být tento model inspirací pro vhodné nastavení soudního přezkumu krizových opatření.