Tento teolog studoval na Teologické fakultě Univerzity Karlovy v Praze, kde se věnoval v roce 1916 promoval na doktora teologie. Po první světové válce nastoupil do duchovní správy, kde se věnoval duchovnímu reformního hnutí v římskokatolické církvi a podílel se na založení církevního sdružení Církve československé husitské (CČSH).
Dlouholeté studium náboženství a Nového zákona dalo Kovářovi široký rozhled a připravily ho na teologickou práci v ČCE. Od roku 1926 Kovář věnoval výuce jejích teologů a vydavatelské službě CHC.
V letech 1931-1935 během patriarchátu G A Procházky působil Kovář mimo církev na ministerstvu školství a národní osvěty a v letech 1935-1935 se věnoval práci pro ČCE. a národní osvěty. K návratu mu pomohli přátelé ze Společnosti Dr.
Karla Farského, kteří se mu věnovali v jeho výzkumu v ČHäS, zejména PhDr Antonín Hartl. Kovář byl jmenován mimořádným profesorem Nového zákona pro CHK na Husově fakultě 19. října 1935.