Územní ochrana přírody je zásadním nástrojem pro usměrňování antropogenního tlaku na krajinu, který se zejména v posledních desítkách let dále stupňuje. To má za následek pokles rozlohy vhodných habitatů, jejich fragmentaci, nevhodný management a v důsledku také pokles biodiverzity.
Území Národního parku Šumava je od svého vyhlášení před více než 30 lety předmětem nekončících debat o tom, jak má jeho ochrana vypadat. Vzhledem k tomuto faktu, relativně velkému na jednu stranu kompaktnímu a na druhou stranu rozmanitému území, solidní datové základn ě a proměnám, kterými území za poslední desetiletí prošlo, je Národní park Šumava ideální laboratoří pro aplikaci přístupů krajinné ekologie v ochraně přírody.