Život na Zemi pravděpodobně vznikl a je určován různými typy mikroorganismů. Mikroorganismy představují faktor, který výrazně ovlivňuje evoluci člověka.
Evoluční interakce jsou tak významné, že část genetické informace člověka má původ v mikrobiálním světě. Energetické potřeby lidských buněk zajišťují mitochondrie, které jsou archebakteriálními endosymbionty.
Současné lidstvo je výsledkem permanentního selekčního tlaku, který byl ve významné míře zprostředkován patogenními mikroorganismy. I současná medicína se v převažující míře soustředí na působení patogenních mikroorganismů.
Teprve v posledním desetiletí díky metodologickému pokroku získáváme obrovské množství informací, které dokládá, že naše tělo je osídleno mikrobiálními společenstvími, mikrobiotou, která má zásadní vliv na zdraví člověka. Moderní člověk navíc ztrácí přirozené kontakty s mikrobiálním světem, který je negativně zásadně měněn v souvislosti se zhoršujícím se životním prostředím.