Průtoková cytometrie umožňuje určit množství, vývojovou linii, stupeň zralosti a normalitu buněk hematopoetického původu skrze detekci specifických molekul exprimovaných na cytoplazmatické membráně, v cytoplazmě či v jádře buněk. Tento proces, označovaný jako imunofenotypizace, je dnes již zcela nezbytnou součástí diagnostických postupů v hematoonkologii.