SARS-CoV-2 je virus, který vyvolává slizniční infekce respiračního nebo střevního traktu. Tento virus se na rozdíl od jiných virů, které vyvolávají podobný typ infekcí, vyznačuje mimořádnou schopností modifikovat imunitní odpověď na několika úrovních, a způsobit tak celou řadu komplikací.
Jedním z důsledků těchto manipulací je vytvoření falešného obrazu pyogenní bakteriální infekce. O průběhu nemoci rozhodují především mechanismy přirozené slizniční imunity, které mohou zastavit množení viru v časných fázích infekce, než virus stihne uplatnit svůj vliv.
Covid-19 má dvě hlavní klinické formy: slizniční infekci (respirační nebo střevní) a pneumonii. Pneumonie je asociována s aktivací cévního endotelu a prokoagulačním stavem.
Virémie nepatří k standardnímu průběhu onemocnění. Postižení jiných orgánů než plic - ať už v době aktivní infekce nebo později (long covid) - bývá způsobeno imunopatologickými reakcemi nebo poruchami hormonálních regulací.