Udělování Purkyňovy ceny v rodišti Jana Evangelisty Purkyně v Libochovicích na zámku navrhl v r. 1962 Spolek lékařů v Ústí nad Labem a od té doby je cena předávána v rámci tzv. Purkyňova dne pořádaného zde od r. 1959. Cena byla do r. 1969 udělována za nejlepší publikaci roku a později s jedinou výjimkou vždy jedné osobnosti, která se nejvíce zasloužila o rozvoj medicíny u nás, tedy v Československu a později jen v České republice. Od r. 1990 je výběr osobností pro toto nejvyšší ocenění bez politických vlivů a v předsednictvu České lékařské společnosti J. E. Purkyně je obvykle hlasováno zhruba o 10 návrzích z jednotlivých odborných společností.
Na 65. Purkyňově dni v Libochovicích byla 14. června 2023 udělena Purkyňova cena významnému českému farmakologovi prof. MUDr. Janu Švihovcovi, DrSc.