Vysoká incidence klíšťové meningoencefaiitidy a častý výskyt komplikací činí z této nemoci epidemiologicky i klinicky nejvýznamnější arbovirózu nejen v ČR, ale i ve většině zemí střední a východní Evropy a v některých částech Asie. Navzdory relativně nízké smrtnosti zanechává tato infekce centrálního nervového systému až u poloviny nemocných dlouhodobé či trvalé následky, a představuje tak zásadní zátě ž nejen pro pacienty samotné, ale i pro zdravotní a sociální systém.
Jedinou spolehlivou ochranou proti klíšťové meningoencefalitidě je očkování, v případě rozvoje onemocnění jsme nadále odkázáni na symptomatickou a antiedematózní léčbu.