Struktura dimerní N-glykosylované formy plísňové beta-N-acetylhexosaminidasy odhalená počítačovým modelováním, vibrační spektroskopií a biochemickými studiemi (Article No. 32)
Abstrakt
Kompletní primární struktura plísňové beta-N-acetylhexosaminidasy z Aspergillus oryzae CCF1066 byla užita ke zkonstruování molekulárních modelů katalytické podjednotky enzymu, enzymového dimeru a N-glykosylovaného dimeru. Byla získána experimentální data infračervené a Ramanovy spektroskopie a biochemických studií nativního a glykosylovaného enzymu, jež jsou v dobré shodě s modely.
Deglykosylovaný enzym vykazuje za nativních podmínek shodné parametry kinetiky, ale je významně méně stabilní v kyselém prostředí, což odpovídá predpovědím z modelů. Molekulární model deglykosylovaného enzymu byl solvatován a byl proveden 20 ns běh molekulární dynamiky Molekulární model je schopen vázat přirozený substrát - chitobiosu se stabilní hodnotou vazebné energie během molekulárně-dynamické simulace.