Parametrizovaná Hausdorfova vzdálenost jako nemetrický podobnostní model pro tandemovou hmotnostní spektrometrii
2010
Abstrakt
Tandemová hmotnostní spektrometrie je moderní metoda pro identifikaci proteinových a peptidových sekvencí. Problematika návrhu přesnějších a rychlejších algoritmů pro interpretaci hmotnostních spekter je stále aktuální, protože spektra obsahují až 80% šumu a řadu dalších nepřesností.
Velikosti proteinových databází rychle rostou a metody jejich indexování, za účelem interpretace hmotnostních spekter, začínají být v poslední době velmi populární. Parametrizovaná Hausdorfova vzdálenost je navržena pro nemetrické podobnostní vyhledávání v proteinových databázích.
Velmi dobře vyjadřuje podobnost mezi hmotnostními spektry a ve většině případů dokáže spektrům přiřadit správné peptidové sekvence bez použití dalších skórovacích metod.