Vylepšení podobnostního vyhledávání pro tandemovou hmotnostní spektrometrii s použitím metrických přístupových metod
Abstrakt
Hmotnostní spektrometrie je široce používaná metoda pro identifikaci proteinových sekvencí ze vzorku "in vitro". Sekvence však nejsou určeny přímo, ale musí být interpretovány z dat získaných hmotnostním spektrometrem (tzv. hmotnostních spekter).
Naše metoda interpretace spekter je založena na podobnostním vyhledávání v databázích proteinových sekvencí, přičemž je využita parametrizovaná Hausdorfova vzdálenost (dHP). Pro urychlení vyhledávání používáme metrické přístupové metody a algoritmus TriGen.
Rovněž je ukázáno, že dHP umožnuje dosáhnout vyšší správnosti interpretace spekter než kosinová podobnost bežně prezentovaná v literatuře. Metoda je přitom navržena tak, aby nebylo znemožněno její další rozšíření o podporu vyhledávání chemických modifikací v hmotnostních spektrech.
Naše metoda může být využita jako hrubý filtr libovolnou jinou metodou pro interpretaci hmotnostních spekter, která je založena na vyhledávání v databázích proteinových sekvencí.