Abstrakt
Zjišťování podobnosti mezi párem proteinových struktur je jedním ze základních úkolů v mnoha oblastech bioinformatického výzkumu jako predikce proteinové struktury, mapování funkce, atd. Navrhujeme metodu pro hledání párování aminokyselin založenou na hustotách struktur a současně navrhujeme modifikaci původního rotačního algoritmu TM-score, který přiřazuje podobnost tomuto párování.
Navrhovaná modifikace je rychlejší než TM a srovnatelně robustní vzhledem k neoptimálním částem zarovnání. Kvalitu algoritmu měříme pomocí přesnosti klasifikace vzhledem ke SCOP.
Naše řešení překonává ostatní metody v přesnosti na dvou ze tří měřených úrovní klasifikace.