Abstrakt
Podobnostní vyhledávání v proteinových databázích je jedním z nejzákladnějších problémů proteomiky. S rostoucím počtem experimentálně určených proteinových struktur se zájem postupně přesouvá od sekvencí ke strukturám.
Oblast strukturní podobnosti představuje velkou výzvu, neboť v této oblasti neexistuje dokonce ani standardní definice optimální podobnosti. V této práci navrhujeme metodu proteinové strukturní podobnosti nazývanou SProt.
SProt se zaměřuje na kvalitní modelování lokální podobnosti v průběhu procesu extrakce vlastností. Ty jsou založeny na sférickém prostorovém okolí, kde podobnost může být dobře definována.
Globální míra určující podobnost páru proteinových struktur je pak vytvořena na základě jednotlivých lokálních podobností. SProt překonává ostatní metody v přesnosti klasifikace, zatímco v termínech precision-recall nebo kvality přiřazení (alignment) je s ostatními metodami přinejmenším srovnatelná.