Laboratorní diagnostika infekce E. histolytica je odlišná pro intestinální a extraintestinální formu onemocnění. U střevní formy vyšetřujeme stolici, u extraintestinální provádíme sérologický průkaz protilátek.
Patogenní a nepatogenní amébu odlišíme v biologickém materiálu metodou PCR.