Přirozené protilátky třídy IgM představují ochranný faktor, který vyvažuje proaterogenní účinky a buněčnou toxicitu oxidovaných lipoproteinů o nízké hustotě. Ochranné, antiaterogenní působení protilátek třídy IgM se odehrává na dvou úrovních.
První, významnější z obou, je takzvaná kompetitivní inhibice. Vazba protilátek třídy IgM s oxidovanými LDL vede k omezení jejich fagocytózy prostřednictvím makrofágů nebo hladkých svalových buněk cévní stěny.
Důsledkem je snížená tvorba pěnových buněk, základního morfologického substrátu aterogenního procesu. Druhým, pravděpodobně jen doplňkovým mechanismem, je tvorba imunitních komplexů mezi protilátkami třídy IgM a oxLDL.
Tyto imunokomplexy jsou odstraňovány z krevního oběhu odsunem do jater nebo sleziny, kde dochází k jejich konečné likvidaci. Tvorba pěnových buněk je opět snížena.
U nemocných s akutními koronárními syndromy se protilátky třídy IgM podílejí na stabilizaci vulnerabilních plátů a na reparaci poškozené tkáně.