Chronické zánětlivé reakce probíhající v cévní stěně jsou podkladem vzniku aterosklerózy. C-reaktivní protein je snadno měřitelným ukazatelem aktivity těchto zánětlivých reakcí.
Současně je CRP i jejich aktivním účastníkem. Postavení CRP v patogenezi aterosklerózy je dvojjediné: na samém počátku aterosklerotického procesu vykazuje CRP protizánětlivé účinky, které chrání cévní stěnu před ukládáním aterogenních lipoproteinů.
Genetická dispozice organismu a vliv zevních rizikových faktorů mění tyto původně ochranné účinky CRP v účinky prozánětlivé, které podporují rozvoj aterosklerózy. Ochranné, protizánětlivé působení i prozánětlivé, aterogenní působení CRP je založeno na aktivaci komplementové kaskády.