V kontextu fyziologie a patogeneze je možné sledovat markery reflektující aterogenezu, její rizikové faktory a komplikace. V užším smyslu lze samotnou dysfunkci endotelu hodnotit laboratorně, metody jsou většiny založeny na sledování sérových koncentrací látek v periferní krvi, které přímo či nepřímo souvisejí s funkcí, resp. dysfunkcí endotelu.