V proteomice mohou být bílkoviny identifikovány enzymatickým štěpením studované bílkoviny enzymem o známé specificitě (většinou trypsinem), sekvenováním získaných specifických peptidů hmotnostní spektrometrií a porovnáním sekvencí aminokyselin s databází. Tato metoda byla použita k rozlišování různých druhů sýrů.