Abstrakt
Tandemová hmotnostní spektrometrie je rychlá a moderní metoda pro identifikaci proteinových a peptidových sekvencí ze vzorku získaného "in vitro". Hmotnostní spektrometr nám však poskytuje pouze hmotnostní spektra, ze kterých musí být tyto sekvence nejprve interpretovány. Úspěšné metody pro interpretaci hmotnostních spekter jsou založeny na vyhledávání v databázích již známých nebo predikovaných proteinových sekvencí.
Vzhledem k exponenciálně rostoucímu množství dat v těchto databázích jsou stále více využívány indexovací metody. Indexovací metody však obvykle nepodporují vyhledávání spekter s posttranslačními modifikacemi (PTM), které jsou v praxi velmi častým jevem.
V textu prezentujeme rozšíření naší původní metody založené na metrickém podobnostním vyhledávání a parametrizované Hausdorfově vzdálenosti o podporu vyhledávání PTM.