1. Obecné charakteristiky vodního prostředí (fyzikální a chemické vlastnosti) ve vztahu k organismům, základní trofická a energetická struktura vodního ekosystému

2. Limnické ekosystémy - hluboká jezera: typické vlastnosti, sezónní cyklus, ekologie jezerních organismů, PEG model, vertikální migrace, geografický přehled světově významných jezer

3. Limnické ekosystémy - mělké trvalé vody (rybníky, slepá ramena, litorály apod.): typické vlastnosti a organismy, sezónní cyklus a životní strategie organismů, produkční využití, eutrofizace

4. Limnické ekosystémy - malé dočasné a periodické vody (záplavové tůně, vysychající lokality, louže, thelmy): typické vlastnosti a organismy, životní strategie organismů (diapauza, šíření, metapopulační koncept)

5. Limnické ekosystémy - extrémní habitaty (řašelinné vody, horké prameny, podzemní a jeskynní voda, sníh a led): výjimečnost habitatů, typické organismy a jejich adaptace.

6. Sladkovodní lotické ekosystémy - toky (prameniště, potoky, řeky, údolní nádrže): Koncept říční krajiny, základní odlišnosti od stojatých vod (hydrologie, koncept říčního kontinua), specifika údolních nádrží. Geografický přehled světově nejvýznamnějších.

7. Sladkovodní lotické ekosystémy - toky: přehled organismů, adaptace k životu v proudu, životní strategie.